شبیه سازی دینامیک ملکولی استخلافات پورفیرین و مطالعه ی کمی ساختار-ویژگی در آن ها

تجمع 85 استخلاف پورفیرینی مورد مطالعه قرار گرفته است. گزارشی از مطالعه ی ترمودینامیکی و سینتیکی تجمع با تغییر استخلافات پورفیرین داده شده است. برای این کار از شبیه سازی دینامیک ملکولی، رابطه ی کمی ساختار-ویژگی و داکینگ docking)) استفاده شد. در شبیه سازی دینامیک ملکولی، رسیدن سیستم به تعادل با سرد سازی شبیه سازی شده (simulated annealing) بررسی شد. برای انجام این کار، شبیه سازی در دما های مختلف تغییر یافته انجام شد. از داکینگ نیز برای به دست آوردن انرژی برهم کنش پورفیرین ها استفاده شد. از این انرژی ها برای به دست آوردن ثابت تعادل استفاده کردیم. رابطه ی کمی ساختار-ویژگی را برای 85 ترکیب انجام داده و از دو روش رگرسیون خطی چندگانه ((mlr و آنالیز مولفه های اصلی ((pca برای پیش بینی ها استفاده کرده و به پیش بینی های خوبی دست یافتیم. ضریب هم بستگی برای پیش بینی ثابت سرعت و تعادل 85 ترکیب به ترتیب 63/? و 92/0 شد و با روش pca با ضریب هم بستگی 90/0 توانستیم ثابت تعادل را پیش بینی کنیم. به منظور انجام پیش بینی بهتر ثابت سرعت، ترکیبات به دو دسته ی اکسیژن دار و بدون اکسیژن تقسیم شد و و به ترتیب ضرایب رگرسیون ??/0 و ?4/0 برای آن ها به دست آمد. نتایج ارتباط کمی ساختار-ویژگی نشان داد که استخلافات دارای گروه های هیدروکربن بیشتر، مسطح تر، بزرگ تر و هیدروفوب تر سرعت تجمع بالاتر ی دارد.